埃赫那吞偏愛希利奧波里城的地方神阿吞神(太陽神)，因此，在他即位之后，便下令以阿吞神取代阿蒙神為全國最高神，命令全體子民一律供奉新神。為此，他將自己的名字阿蒙霍特普(阿蒙的鐘愛者的意思)改成埃赫那吞，意即阿吞的光輝。還自稱自己是阿吞神的兒子。
古埃及全國雖有一個主神，但各地還有五花八門的低一級的地方神。你崇拜你的，我崇拜我的，井水不犯河水，一個地方一個樣兒，或幾個樣兒。許多崇拜對象對今天的人來說都似乎不可理解。比如一副弓箭，某件木制的雕刻制品，某種石頭都能成為圣物。至于土地、河流、雨水、泉水、雷、電，則更使他們頂禮膜拜。此外，許多鳥獸昆蟲也是崇拜偶像，簡直無處沒有神。
埃赫那吞在全國推行新神取締舊神的同時，還要借清除阿蒙神廟僧侶貴族之機，靠行政命令將千百年來古埃及人崇拜的其它的神一掃而光。這一措施令習慣阿蒙神和地方神的埃及人十分奇怪：“這是怎么回事?怎么好端端的阿蒙神不讓拜了?我們自己的神也不讓拜了?一時間不知內(nèi)情的百姓都有一種大難臨頭的感覺：“國家安寧了不少日子，看來又要出大亂了。“于是富人忙著藏匿私人財產(chǎn)，遷到鄉(xiāng)間避禍。僧侶們?nèi)鐭徨伾系奈浵仯细Z下跳，企圖影響埃及赫那吞的決策。宮廷內(nèi)部也不安寧。王族成員和一些高級僧侶們便請已經(jīng)退位的老法老阿蒙霍特尊三世和王后勸勸埃赫那吞。
老法老和王后知道兒子不會聽他們的話，但又擔心國家因此出現(xiàn)戰(zhàn)亂，于是趁一天晚上埃赫那吞向他們請安時對他說：“兒啊，做事情不可走極端。我這輩子承蒙阿蒙神照顧，國家太平、祥和。你一下子改弦易轍，如此對待阿蒙神和他的仆人，不僅得罪神，還會觸怒許多人。不如現(xiàn)在便收回成命，放棄樹阿吞的打算，化動為靜，恢復國內(nèi)的平和。”埃赫那吞聽罷皺起眉頭，說：“父親，近日來我已聽到許多謠言，也有背后罵我咒我的人，蠢蠢欲動的人，我已命軍隊嚴加防范。現(xiàn)在您們來勸誡我。我知道您與他們不同，是擔心我把事情搞糟。您所說的道理我也明白。但阿蒙神廟的僧侶勢力太大，經(jīng)常干預朝政，現(xiàn)在他們更加囂張，誹謗君主，煽動百姓，若不采取果斷措施，將來一定要釀成大禍，不如早早快刀斬亂麻，廢除阿蒙神，只尊阿吞神，才能使江山穩(wěn)固。”
老法老說：“你的意見雖好，但僧侶為朝廷誠心服務多年，阿蒙神也為百姓崇拜多年，你要是變教，連我和你母親都難以理解，何以說服天下?我勸你還是三思后行才好。”
埃赫那吞回答說：“父親，我決心已定，決不會更改。我知道阿蒙神是底比斯的保護神，可謂根深蒂固。阿蒙神廟僧侶及其家人關(guān)系盤根錯節(jié)，牽三掛四，使我政令難以實行。我想好對策，將首都遷往中部，一則避開阿蒙神廟僧侶的糾纏，二則便于管理上下埃及和亞洲行省。至于百姓一時不解，那只是時間問題，他們遲早會習慣新神的。”
老法老一聽忙搖頭，說道：“萬萬不可。遷都是歷家的一件大事，不能輕率決定。即使你這么做，我和你母親也不會挪動。我們老了，你已長大成年人，父親的話可以不聽，但你要知道，我們都是為你好才這樣說的。我們還要說，你不能這樣過激。”
埃赫那吞說：“父母親的話我記住了，您們放心。”回到宮里，埃赫那吞悶悶不樂，王后涅菲爾提問他為什么這樣不高興，他便把老法老和王后勸他的事情說了，涅菲爾提王后想了一下，便對埃赫那吞說：“如果這樣，我勸陛下還是暫緩行事吧”。
埃赫那吞說：“僧侶的反對是意料之中的，但對我的行動如此不滿卻沒想到。收回成命，他們自然滿意，但我自己的面子、權(quán)威卻在天下人面前丟盡了。況且僧侶們也未必就此罷休，他們心里藐視我的懦弱。既為一國之君，就需言必行，行必果。我的罪了阿蒙神的僧侶就得罪到底，但同時也取得了阿吞神僧侶的贊同，有得必有失。而且以赫倫希布的將領(lǐng)為首向我表示效忠，他們不滿僧侶們所做所為。有軍隊和手下一班人馬，就不怕這幫裝神弄鬼的人興風作浪。”涅菲爾提見埃赫那吞決心已定，就不再勸了。
第二天埃赫那吞當著文武百官發(fā)布命令：“由于阿吞神的感召和阿蒙神廟祭司拒不服從我的命令，自本日起關(guān)閉全國各地非阿吞神的神廟，將僧侶趕出廟門回家，還俗為民。一切公共建筑物和紀念物上的阿蒙的名字必須徹底清除。在全國各個城市必須建起至少一座阿吞神廟，各級地方官員要帶頭向我的父親阿吞神獻祭、宣誓、永遠忠于英明、偉大的造物主阿吞。”