1952年全國院系調(diào)整后，原中山大學(xué)文理院系與嶺南大學(xué)文理院系合并，組成新的中山大學(xué)，中山大學(xué)入主原嶺南大學(xué)校址康樂園。1952年開始，全國高等學(xué)校進(jìn)行了大規(guī)模的院系調(diào)整。
　　中山大學(xué)工學(xué)院、農(nóng)學(xué)院、醫(yī)學(xué)院、教育學(xué)院調(diào)出，組建華南工學(xué)院（華南理工大學(xué)）、華南農(nóng)學(xué)院（華南農(nóng)業(yè)大學(xué)）、華南醫(yī)學(xué)院（中山醫(yī)科大學(xué)）、華南師范學(xué)院（即華南師范大學(xué)）。
　　中山大學(xué)天文系由趙卻民教授率領(lǐng)調(diào)往南京大學(xué)。中山大學(xué)地質(zhì)系主任陳國達(dá)教授率領(lǐng)全系師生49人調(diào)去湖南中南礦冶學(xué)院（現(xiàn)中南大學(xué)）。中山大學(xué)哲學(xué)系由系主任朱謙之教授率領(lǐng)前往北京大學(xué)。中山大學(xué)人類學(xué)系由人類學(xué)系主任楊成志教授率領(lǐng)調(diào)往北京中央民族學(xué)院。分別于1952年10月16、17、20日前往南京、長沙、北京等地報到。
　　新組建的中山大學(xué)校區(qū)由石牌遷至原嶺南大學(xué)校址。中山大學(xué)原石牌校址，遷入了新組建的華南工學(xué)院、華南農(nóng)學(xué)院等學(xué)校，中山大學(xué)原百子崗校址，興辦華南醫(yī)學(xué)院。
　　1952年院系調(diào)整后分設(shè)的中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)于2001年10月合并而成，調(diào)整后的新的中山大學(xué)，設(shè)有中文、外文、歷史、語言、數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、生物、地理、財政、金融、會計、貿(mào)易、企業(yè)管理、政治、法律、社會、經(jīng)濟等18個系，另有俄文、會計、金融、企業(yè)管理4個專修科，中國語言文學(xué)、歷史、植物等3個研究所。
　　1953年7月開始第二次院系調(diào)整。
　　中山大學(xué)的財經(jīng)、政法各系分別調(diào)至武漢大學(xué)、中南財經(jīng)學(xué)院、中南政法學(xué)院等院校。同時對圖書、儀器、設(shè)備等進(jìn)行了調(diào)配。中山大學(xué)圖書館原藏有前華南聯(lián)合大學(xué)及廣東法商學(xué)院所藏財經(jīng)政法圖書資料，全部調(diào)配給中南財經(jīng)學(xué)院、中南政法學(xué)院。
　　1954年，將全國惟一的語言系由中山大學(xué)調(diào)整到北京大學(xué)，語言系主任王力教授帶領(lǐng)全系師生48人整體遷出。中山大學(xué)植物研究所劃歸中國科學(xué)院管理（現(xiàn)華南植物園）。同時將原武漢大學(xué)、湖南大學(xué)、廣西大學(xué)、南昌大學(xué)、華中師范大學(xué)、廣東法商學(xué)院（現(xiàn)廣東財經(jīng)大學(xué)）等院校部分有關(guān)科系師生調(diào)至中山大學(xué)。
　　1981年成為中國首批有權(quán)授予博士、碩士學(xué)位的單位之一。
　　1987年12月，國家教委批準(zhǔn)中山大學(xué)嶺南（大學(xué)）學(xué)院成立。
　　1997年，進(jìn)入國家“211工程”序列。
　　2001年1月，進(jìn)入國家“985工程”序列。
　　2001年10月，原中山大學(xué)和中山醫(yī)科大學(xué)合并組建新的中山大學(xué)。10月26日舉行“中山大學(xué)、中山醫(yī)科大學(xué)合并組建新的中山大學(xué)”。
　　2010年11月中山大學(xué)醫(yī)科成為教育部、衛(wèi)生部首批共建高校醫(yī)學(xué)院。