1948年底，孫立人兼任東南軍政長(zhǎng)官公署副司令長(zhǎng)官和臺(tái)灣防衛(wèi)司令。1949年8月，升臺(tái)灣防衛(wèi)總司令。制定實(shí)施臺(tái)澎防衛(wèi)計(jì)劃，構(gòu)建全島防衛(wèi)工事體系，整褭n誹ǖ?0萬(wàn)敗軍。

　　1949年9月1日，孫立人正式就職臺(tái)灣防衛(wèi)司令，第201師10月在金門參加金門戰(zhàn)役。11月，蔣中正在國(guó)民檔中央非常委員會(huì)第二分會(huì)中提議孫立人再兼東南軍政長(zhǎng)官公署副長(zhǎng)官，國(guó)防部亦隨之發(fā)表新職。1950年3月1日，蔣中正“復(fù)行視事”重任總統(tǒng)職，東南軍政長(zhǎng)官公署隨之裁撤，孫接任陸軍總司令兼臺(tái)灣防衛(wèi)總司令（當(dāng)時(shí)陸軍總司令部與臺(tái)灣防衛(wèi)總司令部址乃同一駐所）。

　　隨著國(guó)際局勢(shì)的變化，美國(guó)越發(fā)倚重臺(tái)灣，孫立人作用減弱，特別是擋了蔣經(jīng)國(guó)控制軍隊(duì)的路，1954年6月孫立人被蔣介石免去陸軍總司令職務(wù)，任“總統(tǒng)府”參軍長(zhǎng)。

　　1955年6月，臺(tái)灣國(guó)民檔當(dāng)局以孫立人與其部屬少校郭廷亮預(yù)謀發(fā)動(dòng)兵變?yōu)橛�，�?duì)孫實(shí)施看管偵訓(xùn)。1955年10月31日，孫立人被免去“總統(tǒng)府”參軍長(zhǎng)職務(wù)，軟禁于臺(tái)中，直至1988年3月恢復(fù)自由。